La República de Bolivia se declaró independiente en 1825. En ese momento, se decretó la utilización de dos banderas conocidas entonces como Bandera Menor y Bandera Mayor, actualmente denominadas como bandera civil y estatal, respectivamente. Ambas banderas constaban de tres franjas horizontales, dos verdes en los extremos y una roja en el centro en la razón 1:2:1. Al centro de la bandera civil dentro de la franja roja se ubicaba una estrella amarilla rodeada por una rama de olivo y otra de laurel por la izquierda y derecha, respectivamente. En la Bandera Mayor, el diseño de la estrella con ramas se repetía cinco veces representando a los cinco departamentos del país en ese momento.
El 25 de julio de 1826 la bandera fue reemplazada por una de tres franjas horizontales, de igual tamaño, incorporando la franja amarilla, pero en el extremo superior del pabellón nacional. La bandera estatal tenía el escudo de armas modificado en el centro. Esta bandera estuvo en uso hasta el 31 de octubre de 1851, en que fue adoptada la bandera actual. Entre 1836 y 1839 esta bandera fue utilizada como la enseña del Estado de Bolivia durante su participación en la Confederación Perú-Boliviana.
Hasta 2010, las Fuerzas Armadas tenían una bandera que consistía en la nacional y, en el centro, el escudo rodeado por una rama de olivo a la izquierda y una de laurel a la derecha. Ese año, el gobierno de Evo Morales adoptó nuevos símbolos para las Fuerzas Armadas, adoptando la Wiphala como bandera militar.
